在冷却塔中使用杀菌剂的另一个非常重要的原因是防止军团菌的生长，包括导致军团病或军团病的物种，*显著的是嗜肺L.肺炎杆菌、[24]或鸟分枝杆菌。军团菌是军团病在人群中传播的主要原因。军团病的传播主要是通过吸入含有军团菌的雾滴而传播的。军团菌的常见来源包括用于开放循环蒸发冷却水系统的冷却塔、家庭热水系统、喷泉和类似的公共供水系统的传播者。自然资源包括淡水池塘和小溪

法国研究人员发现，军团菌从法国加莱帕斯的一家石化工厂的一个受污染的大型冷却塔中通过空气传播了6公里(3.7英里)。那次疫情导致86名经实验室确认感染的患者中的21人死亡

漂(或风)是指工艺流程中的水滴在冷却塔排放时允许逸出。漂移消除器是用来保持漂移率通常为0.001-0.005%的循环流量。一个典型的漂移消除器提供了多个方向的气流变化，以防止水滴逸出。一个设计良好和安装良好的漂移消除器可以大大减少水的损失和潜在的军团菌或水处理化学品暴露。

CDC不建议卫生保健机构定期检测嗜肺军团菌。军团菌的定期微生物监测仍然存在争议，因为它的存在并不一定是潜在致病的证据。美国疾病控制与预防中心建议对已知传播军团菌的设备采取积极的消毒措施，但不建议对这种细菌进行定期的微生物检测。但是，在军团菌感染(例如造血干细胞移植单位或实体器官移植单位)极易导致疾病和死亡的某些情况下，可以考虑对医院内饮用水进行定期监测。此外，在军团病爆发后，卫生官员同意有必要进行监测，以确定传染源并评估杀微生物剂或其他预防措施的有效性

研究发现，40%到60%的冷却塔存在军团菌.